Kurikulum yang digunakan pada saat ini adalah Kurikulum KKNI, yang kemudian akan disesuaikan dengan Pola Ilmiah Pokok (PIP) Universitas Mulawarman, yaitu Hutan Tropika basah dan Lingkungannya. Dokumen kurikulum KKNI dapat diunduh di sini.
Program Studi Teknik Lingkungan memiliki 140 sks mata kuliah wajib dan 8 sks mata kuliah pilihan, dengan sks wajib sebesar 144 sks. Rincian mata kuliah untuk tiap semester adalah sebagai berikut:
Semester I
| Kode Mata Kuliah | Nama Mata Kuliah | Bobot sks | |
| 09005207 | Pendidikan Kewarganegaraan | 2 | |
| 09005208 | Bahasa Indonesia | 2 | |
| 09005211 | Ilmu Sosial dan Budaya Dasar | 2 | |
| 09005201 | Pendidikan Pancasila | 2 | |
| 09045211 | Kalkulus I | 2 | |
| 09045312 | Ekologi Teknik Lingkungan | 3 | |
| 09045213 | Dasar Teknik Lingkungan | 2 | |
| 09005313 | Fisika Dasar | 3 | |
| 09005314 | Kimia Dasar | 3 | |
| Jumlah sks Semester I | 21 |
Semester II
| Kode Mata Kuliah | Nama Mata Kuliah | Bobot sks | |
| 09005302 | Pendidikan Agama | 3 | |
| 09005209 | Bahasa Inggris | 2 | |
| 09045321 | Fisika Lingkungan | 3 | |
| 09045322 | Kimia Lingkungan | 3 | |
| 09045223 | Statistik Teknik Lingkungan | 2 | |
| 09045224 | Kalkulus II | 2 | |
| 09045325 | Menggambar Teknik | 3 | |
| 09045326 | Biologi dan Mikrobiologi Lingkungan | 3 | |
| Jumlah sks Semester II | 21 |
Semester III
| Kode Mata Kuliah | Nama Mata Kuliah | Bobot sks | |
| 09045331 | Mekanika Fluida I | 3 | |
| 09045332 | Matematika Rekayasa | 3 | |
| 09045233 | Hidrologi dan Geohidrologi | 2 | |
| 09045334 | Satuan Operasi | 3 | |
| 09045335 | Satuan Proses | 3 | |
| 09045336 | K3 | 3 | |
| 09045337 | Perpetaan | 3 | |
| Jumlah sks Semester III | 20 |
Semester IV
| Kode Mata Kuliah | Nama Mata Kuliah | Bobot sks | |
| 09045241 | Mekanika Fluida II | 2 | |
| 09045242 | Pengelolaan Kualitas Udara | 2 | |
| 09045243 | Pengelolaan Kualitas Tanah | 2 | |
| 09045344 | Rekayasa Limbah Padat I | 3 | |
| 09045345 | Penyediaan Air Minum I | 3 | |
| 09045346 | Pengolahan Air Limbah I | 3 | |
| 09045347 | Plumbing dan Instrumentasi | 3 | |
| 09045248 | Hukum dan Kebijakan Lingkungan | 2 | |
| Jumlah sks Semester IV | 20 |
Semester V
| Kode Mata Kuliah | Nama Mata Kuliah | Bobot sks | |
| 09045351 | Rekayasa Limbah Padat II | 3 | |
| 09045352 | Penyediaan Air Minum II | 3 | |
| 09045353 | Pengolahan Air Limbah II | 3 | |
| 09045254 | Ekotoksiologi | 2 | |
| 09045255 | Pengelolaan B3 dan Limbah B3 | 2 | |
| 09045256 | Tata Ruang dan Pengembangan Wilayah | 2 | |
| 09045257 | Ekonomi Teknik | 2 | |
| 09045258 | Manajemen Lingkungan | 2 | |
| Jumlah sks Semester V | 19 |
Semester VI
| Kode Mata Kuliah | Nama Mata Kuliah | Bobot sks | |
| 09045361 | AMDAL | 3 | |
| 09045262 | Audit Lingkungan | 2 | |
| 09045363 | Pemodelan Lingkungan | 3 | |
| 09045264 | Perencanaan Proyek | 2 | |
| 09045265 | Geologi Lingkungan | 2 | |
| 09045366 | Pemantauan dan Penglelolaan Kualitas Lingkungan | 3 | |
| 09045267 | Pengelolaan Limbah Agro Industri | 2 | |
| 09005210 | Kewirausahaan | 2 | |
| Jumlah sks Semester VI | 19 |
Semester VII
| Kode Mata Kuliah | Nama Mata Kuliah | Bobot sks | |
| 09045271 | Metodologi Penelitian Lingkungan | 2 | |
| 09045272 | Penglelolaan Lingkungan Tambang Batubara | 2 | |
| 09045373 | Desain Teknik Lingkungan Terpadu | 3 | |
| 09045274 | Aplikasi GIS dalam Pengelelolaan Lingkungan | 2 | |
| 09045375 | Kuliah Kerja Nyata | 3 | |
| 09045276 | Kerja Praktek | 2 | |
| Mata Kuliah Pilihan I | 2 | ||
| Mata Kuliah Pilihan II | 2 | ||
| Jumlah sks Semester VII | 18 |
Semester VIII
| Kode Mata Kuliah | Nama Mata Kuliah | Bobot sks | |
| 09045181 | Seminar Skripsi | 1 | |
| 09045582 | Skripsi | 5 | |
| Jumlah sks Semester VIII | 6 |
Mata Kuliah Pilihan
| Kode Mata Kuliah | Nama Mata Kuliah | Bobot sks | |
| 09045246 | Pengelolaan Lingkungan Pemukiman | 2 | |
| 09045247 | Teknologi Lingkungan Tepat Guna | 2 | |
| 09045248 | Pengelolaan Pesisir dan Laut | 2 | |
| 09045249 | Pengelolaan Lingkungan Migas | 2 | |
| Jumlah sks MKP Tersedia | 8 |